>> UAS <<

Aquaculture Bioinformatic

klik di SINI

 

>>Systematic sequencing of mRNA from the Antarctic krill (Euphausia superba) and first tissue specific transcriptional signature<<

~ Apa itu Euphausiacea (krill) ???

     Krustasea shrimplike kecil yang berlimpah dalam ekosistem pelagis dari semua samudra

~  Spesies Euphausiacea (krill) ada sekitas 85

Krill antartika (Euphausia superba) memiliki sirkumpolar distribusi dengan konsentrasi tertinggi di sector Atlantik Samudra Selatan. Spesies ini adalah kunci dari ekosistem Antartika dan memainkan peran penting baik sebagai feeder dari alga, bakteri dan mikro-zooplankton dan sebagai mangsa vertebarata.

Pada saat ini ada 434 nukleotida dan 310 urutan protein yang telah diidentifikasi dalam Euphausiacea, khusus untuk Euphausia superba hanya 69 nukleotida dan 17 sekuens asam amino telah diperoleh.

Spesimen Euphausia superba dikumpulkan dalam 5 waktu yang berbeda selama 24 jam kemudian dilakukan analisis total RNA sampel dengan menggunakan elektroforesis kapiler,

Euphausia superba urutan gen sangat mirip dengan yang umum ditemukan dalam mitokondria genom arthropoda lainnya. Urutan consensus 309 menunjukkan kemiripan dengan gen atau protein yang dikelompokkan menjadi 13 fungsional.

 Sebagian besar EST (20,51%), menampilkan putative identitas dengan urutan ribosom dan gen untuk mesin terjemahan, dikelompokkan dalam translation fungsional kategori, ditandai dengan 8% dari semua transkip.

~  Cara menggunakan Kuantitatif  RT-PCR????

     Kuantitatif  RT-PCR dilakukan untuk beberapa gen menggunakan jaringan yang sama untuk mengkonfirmasi integritas dan kekokohan EST sekuensing.

Reaksi PCR dilakukan di 7500 Real-Time PCR Sistem (Terapan Biosystems). Metode ini menentukan perubahan ekspresi dari urutan asam nukleat dalam uji coba relatif terhadap urutan yang sama dalam suatu sampel kalibrator sampel.