“MOLECULAR CHARACTERIZATION OF A GREEN ALGAE ISOLATE BY 16S rRNA IN IMPROVEMENT OF CAROTENOID PRODUCTION”
jurnal dapat di download di disini
Tujuan
utama penelitian ini adalah menentukan spesies satu isolat lokal alga hijau dari
Perairan Jepara yang digunakan sebagai pakan alami sumber karotenoid hewan-hewan perikanan, pada mulanya dianggap sebagai
Dunaliella secara molekuler menggunakan 16S rDNA untuk mendeteksi jalur biosintesis karotenoid
yang digunakan.
Sebuah lokal isolat spesies alga dari BBAP Jepara, dicurigai mewakili strain Dunaliella, ditemukan berpotensi sebagai sumber karotenoid dalam aditif makanan atau sebagai suplemen makanan dalam budidaya ikan.
Penelitian sebelumnya dilakukan dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Penelitian lebih lanjut dalam mendeteksi gen DXS dari "Dunaliella", telah menghadapi beberapa masalah yang mungkin disebabkan oleh misnamed spesies, untuk mengkaji identifikasi spesies didasarkan pada teknik molekular menggunakan 16S rRNA urutan, untuk mendukung karakterisasi mikrobiologi dan eko-fisiologis.
Saat ini penelitian ini bertujuan untuk menyelidiki karakterisasi spesies dari ganggang hijau isolat dari Perairan Jepara berdasarkan pendekatan 16S rRNA.
Electroferogram dari ganggang hijau amplifikasi 16S rRNA isolat ini menunjukkan satu band yang
jelas, dapat dilihat di bawah ini.
Analisis homologi
dengan anggota Cyanobacteria diambil dari GeneBank dan Bioinformatika
Eropa menunjukkan kesamaan yang dekat antara isolat ganggang hijau dengan orang-orang dari
cyanobacterium sp. MBIC
120 dengan homologi 99% dan Synechocystis PCC6308 dengan 95%
homologi.
Delapan spesies urutan dengan homologi dekat sebagian
besar digunakan untuk membangun pohon filogenetik oleh tetangga-bergabung
metode menggunakan 16S rRNA dari kloroplas Dunaliella salina sebagai suatu
outgroup.
Ganggang hijau mengisolasi homologi
sesuai analisis dalam
membentuk klade berbeda
dengan cyanobacterium sp. MBIC 10216 dan Synechocystis PCC6308 dengan
nilai bootstrap 50% confidence. Klade ini berkerumun juga
dengan Cyanobacterium stanieri PCC7202 dan
Synechococcus sp. PCC8806. Intraspecies homologi berkisar
antara 99% homologi sampai 100%. Namun, mengisolasi dapat segera
ditugaskan ke salah satu spesies bila
homologi dengan salah satu kelas lebih tinggi yang urutan 99,1% .
Karakteristik
mikrobiologi dari ganggang hijau mengisolasi dari penelitian sebelumnya juga menegaskan hal ini hasil
analisis molekuler, di dipamerkan karakteristik unik yang sangat berbeda dengan semua karakteristik
Cyanobacteria. Kami tidak memiliki penjelasan untuk perbedaan ini belum, itu masih perlu
eksperimen lebih lanjut dalam meningkatkan kemungkinan bahwa ganggang
hijau mungkin mengisolasi salah satu anggota Prochloron. Prochloron
adalah uniseluler ganggang
prokariotik yang tidak cyanobacterium suatu. Ini resembeles cyanobacteria
dalamnya struktur sel dan biokimia, tapi
pigmen fotosintesis yang mirip dengan ganggang hijau.
Jarak genetik matriks
dibangun berdasarkan produk PCR oleh Program Gene Doc apresented. Matriks ini menunjukkan jarak genetik berkisar dari 93% sampai 99%.
Hasil
dari semua analisis ini adalah parameter yang berharga untuk interpretasi pengamatan pada identiyng spesies dari ganggang hijau mengisolasi dari Waters Jepara. Dari analisis, dapat diasumsikan bahwa spesies ganggang hijau mengisolasi dekat dengan anggota Cyanobacteria. Ini berarti bahwa
ganggang hijau isolat ganggang prokariotik, sedangkan Dunaliella adalah suatu ganggang hijau eucaryotic. Hasil analisis
ini juga menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi berikut jalur non-mevalonate baru untuk
biosynthetics catotenoid sebagai Cyanobacteria beberapa lainnya anggota terutama Synechocystis dan
Synechococcus.
Hasil yang
diperoleh melalui karakterisasi molekuler berbasis 16SrRNA mengindikasikan
bahwa ganggang hijau mengisolasi menunjukkan hubungan dekat dengan anggota
sebagian besar Cyanobacteria dengan Cyanobacterium sp. MBIC 1021 terutama dengan kesamaan
99% dan 95% kesamaan dengan Synechocystis
PCC6308.
Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa
ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur
non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar