>> UAS <<

Aquaculture Bioinformatic

klik di SINI

 

>>Systematic sequencing of mRNA from the Antarctic krill (Euphausia superba) and first tissue specific transcriptional signature<<

~ Apa itu Euphausiacea (krill) ???

     Krustasea shrimplike kecil yang berlimpah dalam ekosistem pelagis dari semua samudra

~  Spesies Euphausiacea (krill) ada sekitas 85

Krill antartika (Euphausia superba) memiliki sirkumpolar distribusi dengan konsentrasi tertinggi di sector Atlantik Samudra Selatan. Spesies ini adalah kunci dari ekosistem Antartika dan memainkan peran penting baik sebagai feeder dari alga, bakteri dan mikro-zooplankton dan sebagai mangsa vertebarata.

Pada saat ini ada 434 nukleotida dan 310 urutan protein yang telah diidentifikasi dalam Euphausiacea, khusus untuk Euphausia superba hanya 69 nukleotida dan 17 sekuens asam amino telah diperoleh.

Spesimen Euphausia superba dikumpulkan dalam 5 waktu yang berbeda selama 24 jam kemudian dilakukan analisis total RNA sampel dengan menggunakan elektroforesis kapiler,

Euphausia superba urutan gen sangat mirip dengan yang umum ditemukan dalam mitokondria genom arthropoda lainnya. Urutan consensus 309 menunjukkan kemiripan dengan gen atau protein yang dikelompokkan menjadi 13 fungsional.

 Sebagian besar EST (20,51%), menampilkan putative identitas dengan urutan ribosom dan gen untuk mesin terjemahan, dikelompokkan dalam translation fungsional kategori, ditandai dengan 8% dari semua transkip.

~  Cara menggunakan Kuantitatif  RT-PCR????

     Kuantitatif  RT-PCR dilakukan untuk beberapa gen menggunakan jaringan yang sama untuk mengkonfirmasi integritas dan kekokohan EST sekuensing.

Reaksi PCR dilakukan di 7500 Real-Time PCR Sistem (Terapan Biosystems). Metode ini menentukan perubahan ekspresi dari urutan asam nukleat dalam uji coba relatif terhadap urutan yang sama dalam suatu sampel kalibrator sampel.

BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG BUDIDAYA

“MOLECULAR CHARACTERIZATION  OF A GREEN ALGAE ISOLATE BY 16S rRNA  IN IMPROVEMENT OF CAROTENOID PRODUCTION”

jurnal dapat di download di disini

     Tujuan utama penelitian ini adalah menentukan spesies satu isolat lokal alga hijau dari Perairan Jepara yang digunakan sebagai pakan alami sumber  karotenoid hewan-hewan  perikanan, pada mulanya dianggap sebagai Dunaliella secara molekuler menggunakan 16S rDNA  untuk mendeteksi jalur biosintesis karotenoid yang digunakan.

    Sebuah lokal isolat spesies alga dari BBAP Jepara, dicurigai mewakili strain Dunaliella, ditemukan berpotensi sebagai sumber karotenoid dalam aditif makanan atau sebagai suplemen makanan dalam budidaya ikan. 

Penelitian sebelumnya dilakukan dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Penelitian lebih lanjut dalam mendeteksi gen DXS dari "Dunaliella", telah menghadapi beberapa masalah yang mungkin disebabkan oleh misnamed spesies, untuk mengkaji identifikasi spesies didasarkan pada teknik molekular menggunakan 16S rRNA urutan, untuk mendukung karakterisasi mikrobiologi dan eko-fisiologis.

Saat ini penelitian ini bertujuan untuk menyelidiki karakterisasi spesies dari ganggang hijau isolat dari Perairan Jepara berdasarkan pendekatan 16S rRNA.

Electroferogram dari ganggang hijau amplifikasi 16S rRNA isolat ini menunjukkan satu band yang jelas, dapat dilihat di bawah ini.

            Analisis homologi dengan anggota Cyanobacteria diambil dari GeneBank dan  Bioinformatika Eropa menunjukkan kesamaan yang dekat antara isolat ganggang hijau dengan  orang-orang dari cyanobacterium sp. MBIC 120 dengan homologi 99% dan Synechocystis PCC6308 dengan 95% homologi. 

Delapan spesies urutan dengan homologi dekat sebagian besar digunakan untuk membangun pohon filogenetik oleh tetangga-bergabung metode menggunakan 16S rRNA dari kloroplas Dunaliella salina sebagai suatu outgroup.

Ganggang hijau mengisolasi homologi sesuai analisis dalam membentuk klade berbeda dengan cyanobacterium sp. MBIC 10216 dan Synechocystis  PCC6308 dengan nilai bootstrap 50% confidence. Klade ini berkerumun juga dengan Cyanobacterium stanieri PCC7202 dan Synechococcus sp. PCC8806. Intraspecies homologi berkisar antara 99% homologi sampai 100%. Namun, mengisolasi dapat segera ditugaskan ke salah satu spesies bila homologi dengan salah satu kelas lebih tinggi yang urutan 99,1% .

            Karakteristik mikrobiologi dari ganggang hijau mengisolasi dari penelitian sebelumnya juga menegaskan hal ini hasil analisis molekuler, di dipamerkan karakteristik unik yang sangat berbeda dengan semua karakteristik Cyanobacteria. Kami tidak memiliki penjelasan untuk perbedaan ini belum, itu masih perlu eksperimen lebih lanjut dalam meningkatkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mungkin mengisolasi salah satu anggota Prochloron. Prochloron adalah uniseluler ganggang prokariotik yang tidak cyanobacterium suatu. Ini resembeles cyanobacteria dalamnya struktur sel dan biokimia, tapi pigmen fotosintesis yang mirip dengan ganggang hijau.

Jarak genetik matriks dibangun berdasarkan produk PCR oleh Program Gene Doc apresented. Matriks  ini menunjukkan jarak genetik berkisar dari 93% sampai 99%. 

Hasil dari semua analisis ini adalah parameter yang berharga untuk interpretasi pengamatan pada identiyng spesies dari ganggang hijau mengisolasi dari Waters Jepara. Dari analisis, dapat diasumsikan bahwa spesies ganggang hijau mengisolasi dekat dengan anggota Cyanobacteria. Ini berarti bahwa ganggang hijau isolat ganggang prokariotik, sedangkan Dunaliella adalah suatu ganggang hijau eucaryotic. Hasil analisis ini juga menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi berikut jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid sebagai Cyanobacteria beberapa lainnya anggota terutama Synechocystis dan Synechococcus.

            Hasil yang diperoleh melalui karakterisasi molekuler berbasis 16SrRNA mengindikasikan bahwa ganggang hijau mengisolasi menunjukkan hubungan dekat dengan anggota sebagian besar Cyanobacteria dengan Cyanobacterium sp. MBIC 1021 terutama dengan kesamaan 99% dan 95% kesamaan dengan Synechocystis PCC6308. 

Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.