>> UAS <<

Aquaculture Bioinformatic

klik di SINI

 

>>Systematic sequencing of mRNA from the Antarctic krill (Euphausia superba) and first tissue specific transcriptional signature<<

~ Apa itu Euphausiacea (krill) ???

     Krustasea shrimplike kecil yang berlimpah dalam ekosistem pelagis dari semua samudra

~  Spesies Euphausiacea (krill) ada sekitas 85

Krill antartika (Euphausia superba) memiliki sirkumpolar distribusi dengan konsentrasi tertinggi di sector Atlantik Samudra Selatan. Spesies ini adalah kunci dari ekosistem Antartika dan memainkan peran penting baik sebagai feeder dari alga, bakteri dan mikro-zooplankton dan sebagai mangsa vertebarata.

Pada saat ini ada 434 nukleotida dan 310 urutan protein yang telah diidentifikasi dalam Euphausiacea, khusus untuk Euphausia superba hanya 69 nukleotida dan 17 sekuens asam amino telah diperoleh.

Spesimen Euphausia superba dikumpulkan dalam 5 waktu yang berbeda selama 24 jam kemudian dilakukan analisis total RNA sampel dengan menggunakan elektroforesis kapiler,

Euphausia superba urutan gen sangat mirip dengan yang umum ditemukan dalam mitokondria genom arthropoda lainnya. Urutan consensus 309 menunjukkan kemiripan dengan gen atau protein yang dikelompokkan menjadi 13 fungsional.

 Sebagian besar EST (20,51%), menampilkan putative identitas dengan urutan ribosom dan gen untuk mesin terjemahan, dikelompokkan dalam translation fungsional kategori, ditandai dengan 8% dari semua transkip.

~  Cara menggunakan Kuantitatif  RT-PCR????

     Kuantitatif  RT-PCR dilakukan untuk beberapa gen menggunakan jaringan yang sama untuk mengkonfirmasi integritas dan kekokohan EST sekuensing.

Reaksi PCR dilakukan di 7500 Real-Time PCR Sistem (Terapan Biosystems). Metode ini menentukan perubahan ekspresi dari urutan asam nukleat dalam uji coba relatif terhadap urutan yang sama dalam suatu sampel kalibrator sampel.

BIOINFORMATIKA DALAM BIDANG BUDIDAYA

“MOLECULAR CHARACTERIZATION  OF A GREEN ALGAE ISOLATE BY 16S rRNA  IN IMPROVEMENT OF CAROTENOID PRODUCTION”

jurnal dapat di download di disini

     Tujuan utama penelitian ini adalah menentukan spesies satu isolat lokal alga hijau dari Perairan Jepara yang digunakan sebagai pakan alami sumber  karotenoid hewan-hewan  perikanan, pada mulanya dianggap sebagai Dunaliella secara molekuler menggunakan 16S rDNA  untuk mendeteksi jalur biosintesis karotenoid yang digunakan.

    Sebuah lokal isolat spesies alga dari BBAP Jepara, dicurigai mewakili strain Dunaliella, ditemukan berpotensi sebagai sumber karotenoid dalam aditif makanan atau sebagai suplemen makanan dalam budidaya ikan. 

Penelitian sebelumnya dilakukan dengan menggunakan Polymerase Chain Reaction (PCR). Penelitian lebih lanjut dalam mendeteksi gen DXS dari "Dunaliella", telah menghadapi beberapa masalah yang mungkin disebabkan oleh misnamed spesies, untuk mengkaji identifikasi spesies didasarkan pada teknik molekular menggunakan 16S rRNA urutan, untuk mendukung karakterisasi mikrobiologi dan eko-fisiologis.

Saat ini penelitian ini bertujuan untuk menyelidiki karakterisasi spesies dari ganggang hijau isolat dari Perairan Jepara berdasarkan pendekatan 16S rRNA.

Electroferogram dari ganggang hijau amplifikasi 16S rRNA isolat ini menunjukkan satu band yang jelas, dapat dilihat di bawah ini.

            Analisis homologi dengan anggota Cyanobacteria diambil dari GeneBank dan  Bioinformatika Eropa menunjukkan kesamaan yang dekat antara isolat ganggang hijau dengan  orang-orang dari cyanobacterium sp. MBIC 120 dengan homologi 99% dan Synechocystis PCC6308 dengan 95% homologi. 

Delapan spesies urutan dengan homologi dekat sebagian besar digunakan untuk membangun pohon filogenetik oleh tetangga-bergabung metode menggunakan 16S rRNA dari kloroplas Dunaliella salina sebagai suatu outgroup.

Ganggang hijau mengisolasi homologi sesuai analisis dalam membentuk klade berbeda dengan cyanobacterium sp. MBIC 10216 dan Synechocystis  PCC6308 dengan nilai bootstrap 50% confidence. Klade ini berkerumun juga dengan Cyanobacterium stanieri PCC7202 dan Synechococcus sp. PCC8806. Intraspecies homologi berkisar antara 99% homologi sampai 100%. Namun, mengisolasi dapat segera ditugaskan ke salah satu spesies bila homologi dengan salah satu kelas lebih tinggi yang urutan 99,1% .

            Karakteristik mikrobiologi dari ganggang hijau mengisolasi dari penelitian sebelumnya juga menegaskan hal ini hasil analisis molekuler, di dipamerkan karakteristik unik yang sangat berbeda dengan semua karakteristik Cyanobacteria. Kami tidak memiliki penjelasan untuk perbedaan ini belum, itu masih perlu eksperimen lebih lanjut dalam meningkatkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mungkin mengisolasi salah satu anggota Prochloron. Prochloron adalah uniseluler ganggang prokariotik yang tidak cyanobacterium suatu. Ini resembeles cyanobacteria dalamnya struktur sel dan biokimia, tapi pigmen fotosintesis yang mirip dengan ganggang hijau.

Jarak genetik matriks dibangun berdasarkan produk PCR oleh Program Gene Doc apresented. Matriks  ini menunjukkan jarak genetik berkisar dari 93% sampai 99%. 

Hasil dari semua analisis ini adalah parameter yang berharga untuk interpretasi pengamatan pada identiyng spesies dari ganggang hijau mengisolasi dari Waters Jepara. Dari analisis, dapat diasumsikan bahwa spesies ganggang hijau mengisolasi dekat dengan anggota Cyanobacteria. Ini berarti bahwa ganggang hijau isolat ganggang prokariotik, sedangkan Dunaliella adalah suatu ganggang hijau eucaryotic. Hasil analisis ini juga menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi berikut jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid sebagai Cyanobacteria beberapa lainnya anggota terutama Synechocystis dan Synechococcus.

            Hasil yang diperoleh melalui karakterisasi molekuler berbasis 16SrRNA mengindikasikan bahwa ganggang hijau mengisolasi menunjukkan hubungan dekat dengan anggota sebagian besar Cyanobacteria dengan Cyanobacterium sp. MBIC 1021 terutama dengan kesamaan 99% dan 95% kesamaan dengan Synechocystis PCC6308. 

Hasil analisis ini menunjukkan kemungkinan bahwa ganggang hijau mengisolasi mengikuti jalur non-mevalonate baru untuk biosynthetics catotenoid nya.

Ini adalah jurnal berjudul PENGEMBANGAN APLIKASI SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS (SIG)
BERBASIS WEB UNTUK MANAJEMEN PEMANFAATAN AIR TANAH
MENGGUNAKAN PHP,  JAVA DAN MYSQL SPATIAL dapat di download dibawah ini 

jurnal.pdf


TUGAS RESUME

Keberadaan teknologi SIG telah memberikan kemudahan bagi banyak kalangan dalam mengelola dan memanfaatkan data spatial (geographic reffereced data). Namun, software SIG berbasis desktop yang banyak dipakai selama ini memiliki keterbatasan terutama masalah aksesibilitas dan interopera-bilitasnya.

Sebagai upaya untuk mengatasi keterbatasan tersebut, pengembangan aplikasi SIG dapat beralih menggunakan teknologi web.

Salah satu teknologi yang dapat dijadikan alternatif adalah pemanfaatan sistem basis data MySQL. MySQL merupakan sistem basis data RDBMS (Relational Database Management System) yang mulai versi 4.1 menambahkan ekstensi spatial pada sistem basis datanya. 

Ekstensi spatial memungkinkan untuk menyimpan objek-objek geografis yang dapat dipakai dalam aplikasi SIG. Kaitannya dengan hal ini, berdasarkan spesifikasi dari OGC, setiap objek MySQL Spatial (layer) disimpan pada tabel yang terpisah dalam database, dengan satu record pada tabel dari setiap elemen spatial (spatial feature). Di dalam tabel spatial, kolom  geometry menyimpan informasi geometris pada masing-masing record. Kolom   geometry  mendukung untuk menyimpan  point,  line,  polygon, multipoint, multiline, dan multipolygon.

Teknologi yang digunakan untuk mengembangkan web SIG untuk mendukung pengelolaan air tanah di Kabupaten Banyumas dipilih dengan mempertimbangkan dua hal. Pertama, persyaratan khusus aplikasi SIG, antara lain kaya akan tampilan grafis, mendukung konten raster dan vektor serta mampu menangani data dalam jumlah yang besar (Lilley, Chair, dan Jackson, 2004).  Kedua, fungsi SIG yang disampaikan oleh Abdul Rahman (2008), di mana sistem harus mampu menyimpan, menstruktur, me- manipulasi, menganalisis dan merepresentasikan data spatial. Berdasarkan kedua pertimbangan tersebut teknologi yang digunakan adalah MySQL Spatial, Java Applet dan PHP. MySQL Spatial berfungsi untuk menyimpan, menstruktur, memanipulasi, dan menganalisis data spatial sedangkan untuk merepresentasikannya digunakan Java Applet. Adapun PHP berfungsi sebagai penghubung antara Java Applet dan MySQL. Agar menghasilkan tampilan spatial yang dinamis. PHP akan membaca data spatial dari MySQL kemudian menuliskannya sebagai data berbasis teks yang dikirimkan ke browser.

PHP memiliki peranan penting tidak hanya dalam menghasilkan tampilan HTML yang dinamis tetapi juga berfungsi dalam komunikasi data antara server dengan applet. Berdasarkan konsep  radius search,  applet  yang berfungsi untuk merepresentasikan data spatial mengirimkan request ke dokumen PHP yang ada deserver dengan memberikan parameter koordinat pusat yang diinginkan (X,Y), radius (distance) dan parameter status layer yang dikehendaki. Pada saat melakukan query data dalam tipe geometry dikonversi menjadi teks, selanjutnya PHP mengirimkan ke applet di client. Applet akan mengkonversi data yang berupa kumpulan koordinat – kordinat dengan delimiter. Dari data tersebut applet, dengan memanfaatkan java.awt.Graphics2D ditampilkan dalam format vektor dengan tampilan grafis berkualitas tinggi.

Informasi pemanfaatan air tanah yang ditampilkan secara spatial serta informasi kondisi fisik wilayah menggunakan aplikasi ini dapat dimanfaatkan sebagai landasan dalam pengambilan keputusan. Dikaitkan dengan basis data yang sudah dihimpun pengguna dapat memutuskan apakah permohonan pengeboran sumur air tanah disuatu lokasi dijinkan atau tidak dijinkan baik terkait dengan daya dukung lingkungan fisiknya, potensi air tanah menurut observasi yang sudah ada maupun kaitannya dengan kebijakan wilayah konservasi air tanah. Apabila diijinkan, informasi tersebut berguna dalam pembuatan rekomendasi rencana rancang bangun konstruksi sumur serta kedalaman pengeboran air tanah. 

Dengan demikian diharapkan diperoleh keputusan yang tepat dalam rangka menjaga keberlanjutan pemanfaatan air tanah. Kaitannya dengan perencanaan lokasi pengeboran pemanfaatan air tanah pada sumur-sumur produksi dengan kapasitas pengambilan debit yang besar, aplikasi ini dapat secara cepat dipakai untuk mengetahui jarak antara rencana sumur yang akan dibangun dan sumur yang sudah ada di sekitarnya. Dengan demikian diharapkan dapat secara tepat mengatur posisi-posisi sumur tersebut agar  drawdown  yang terjadi pada saat pengambilan air tidak mempengaruhi kapasitas produksi sumur-sumur di sekitarnya (sumur masyarakat).

Sistem Informasi Geografis sangat bermanfaat untuk melaksanakan manajemen air tanah. Banyak fungsi manajerial dan pengambilan keputusan yang dapat dibantu menggunakan sistem ini, misalnya penerbitan rekomendasi maupun perijinan yang memungkinkan tersedianya informasi kewilayahan secara cepat menyangkut variabel-variabel penting yang digunakan dalam upaya menjaga kelestarian air tanah. Bahkan dengan teknologi Java Applet, MySQL Spatial dan PHP memudahkan bagi pengembang untuk membuat pemodelan spatial maupun non spatial.

BIOTEKNOLOGI DALAM BUDIDAYA

      Pada bidang perikanan bioteknologi adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada bidang perikanan.

Tujuan utama penerapan bioteknologi genetik pada ikan adalah untuk meningkatkan tingkat pertumbuhan. Namun bisa juga digunakan untuk meningkatkan daya tahan terhadap penyakit dan lingkungan. Terdapat beberapa teknik bioteknologi yang sudah diterapkan pada ikan budidaya contohnya:

1. Aplikasi Genetik Marker Untuk Budidaya Ikan Titang

     Genetik marker merupakan alat bantu seleksi. Dengan adanya genetik marker, maka kita bisa menyeleksi induk ikan yang unggul, khususnya ikan titang. Sebagai contoh, berikut ini aplikasi genetik marker untuk identifikasi kerapu unggul:

1. Aplikasi analisis RAPD

      Karena teknik RAPD yang sederhana dan biaya yang diperlukan lebih murah maka terdapat aplikasi yang sangat luas dari RAPD pada berbagai area biologi. Beberapa area tersebut antara lain:1. Kemampuan RAPD mendeteksi variasi intra-specifik dapat digunakan untuk melakukan screening untuk tingkat inbreeding pada induk kerapu untuk mencegah peningkatan frekuensi alel resesif yang merugikan dalam populasi.2. Marker species-specific digunakan dalam inter-specific gene flowdan identifikasi hybrid. Sama halnya dengan marker population-specific akan bermanfaat dalam identifikasi populasi hibrid. Marker RAPD lebih cocok untuk organisme klonal dibandingkan organisme yang bereproduksi secara seksual. Karena bereproduksi secara aseksual, maka fragmen polimorfik antar individual dapatdigunakan untuk menentukan identitas klonal.Walaupun metode RAPD relatif cepat, murah dan gampang dilaksanakan dibandingkanmetode marker DNA lain, isu konsistensi/reproducibility menjadi perhatian sejak dipublikasikannya teknik ini. RAPD sangat sensitif terhadap perubahan kondisi reaksi PCR.Problem reproducibility/konsistensi biasanya terjadi pada band dengan intensitas yang rendah.Hal ini mungkin terjadi karena primer tidak cocok secara sempurna pada sekuen priming site,amplifikasi pada beberapa siklus mungkin tidak terjadi sehingga band tetap samar.

2. Aplikasi analisis RFLP

      RFLP merupakan metode yang digunakan oleh molecular biologists mengikuti urutan tertentu DNA seperti yang disampaikan ke sel lain. RFLPs dapat digunakan dalam berbagaimacam pengaturan yang berbeda untuk mencapai tujuan. RFLP, sebagai tanda molekular, adalah khusus untuk tunggal clone / pembatasan enzim kombinasi. Perbedaan dalam ukuran fragmen batasan antara individu dapat dideteksi oleh Southern blotting dengan pemeriksaan khusus untuk wilayah DNA diketahui mengandung RFLP. Dan pemisahan yang meiotic recombination seperti DNA polymorphisms dapat diikuti seperti biasagenetik markers. RFLP analisis ikan dapat mendeteksi pemisahan yang RFLP yang dapatdigunakan untuk menguji statistik signifikan untuk linkage ke allele untuk warisan penyakit ikan.RFLP merupakan sebuah penyelidikan yang berlabel urutan DNA yang hybridizes dengan satu atau lebih dari fragmen dicerna sampel DNA setelah mereka dipisahkan oleh gelelectrophoresis, sehingga menyatakan unik blotting pola karakteristik tertentu genotip di tempat tertentu. 

3. Aplikasi analisis mikrosatelit

      Sebagai penanda genetik, mikrosatelit sangat berlimpah. Suatu gen dapat memiliki lebihdari dua mikrosatelit. Mikrosatelit bersifat kodominan dan dapat diketahui letak lokasi pada DNA. Mikrosatelit merupakan penanda berbasis PCR, sehingga memerlukan primer. Bentuk pengulangan sekuen DNA sederhana yang berulang-ulang menjadikan marka mikrosatelit sering disebut simple sequence repeat (SSR), short tandem repeats (STRs) atau simple sequence length polymorphisms (SSLPs) yang sekarang menjadi salah satu marka paling banyak digunakan secara luas untuk pemetaan genetik, analisis keragaman genetik, dan studievolusi. Repetitive DNA atau segmen DNA yang berulang adalah salah satu aspek dari genome yang tidak dapat diuji secara mendetail. Salah satu tipe dari repetitive DNA adalah Tandemly Repeated DNA (TR DNA) yang sangat umum terdapat pada genome eukariotik dan terdapat pula pada genome prokariotik dengan frekuensi yang lebih sedikit. TR DNA disebut juga satelit DNA karena pada saat dilakukan fraksinasi genome DNA dengan uji gradien kerapatan, fragmen- fragmen DNA yang banyak mengandung sekuen berulang secara berurut berada padadaerah pita satelit (daerah di luar pita utama). Minisatelit dan mikrosatelit adalah tipe lain dari TR DNA. Telomer DNA ikan mengandung minisatelit dengan motif 5’-TTAGGG-3’. Sedangkan contoh dari mikrosatelit ditemukan pada lokus reseptor β sel-T ikan. Hasil sekuen terbaru terhadap beberapa genome menunjukkan bahwa repeat-DNA tidak hanya terdapat pada daerah intron tapi ditemukan juga pada promoter dan daerah coding. Dari sini, timbul suatu analisis apabila repeat-DNA banyak pada daerah exons (>30%)memungkinkan terjadinya fenomene dimana variasi genetic antar organisme dapat dipengaruhi oleh repeat-DNA selain Single Nucleotide Polymorphism (NSP) yang selama ini diketahui. Hal ini juga didukuing oleh suatu bukti bahwa tidak ada satu organisme pun yang mempunyaikandungan mikrosatelit yang sama dengan organisme yang lain.

Sumber:

http://www.scribd.com/doc/56046305/Aplikasi-Bioteknologi-Akuakultur-Dengan-Menggunakan-Genetik-Marker-Untuk-Budidaya-Ikan-Titang