BIOTEKNOLOGI DALAM BUDIDAYA

      Pada bidang perikanan bioteknologi adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada bidang perikanan.

Tujuan utama penerapan bioteknologi genetik pada ikan adalah untuk meningkatkan tingkat pertumbuhan. Namun bisa juga digunakan untuk meningkatkan daya tahan terhadap penyakit dan lingkungan. Terdapat beberapa teknik bioteknologi yang sudah diterapkan pada ikan budidaya contohnya:

1. Aplikasi Genetik Marker Untuk Budidaya Ikan Titang

     Genetik marker merupakan alat bantu seleksi. Dengan adanya genetik marker, maka kita bisa menyeleksi induk ikan yang unggul, khususnya ikan titang. Sebagai contoh, berikut ini aplikasi genetik marker untuk identifikasi kerapu unggul:

1. Aplikasi analisis RAPD

      Karena teknik RAPD yang sederhana dan biaya yang diperlukan lebih murah maka terdapat aplikasi yang sangat luas dari RAPD pada berbagai area biologi. Beberapa area tersebut antara lain:1. Kemampuan RAPD mendeteksi variasi intra-specifik dapat digunakan untuk melakukan screening untuk tingkat inbreeding pada induk kerapu untuk mencegah peningkatan frekuensi alel resesif yang merugikan dalam populasi.2. Marker species-specific digunakan dalam inter-specific gene flowdan identifikasi hybrid. Sama halnya dengan marker population-specific akan bermanfaat dalam identifikasi populasi hibrid. Marker RAPD lebih cocok untuk organisme klonal dibandingkan organisme yang bereproduksi secara seksual. Karena bereproduksi secara aseksual, maka fragmen polimorfik antar individual dapatdigunakan untuk menentukan identitas klonal.Walaupun metode RAPD relatif cepat, murah dan gampang dilaksanakan dibandingkanmetode marker DNA lain, isu konsistensi/reproducibility menjadi perhatian sejak dipublikasikannya teknik ini. RAPD sangat sensitif terhadap perubahan kondisi reaksi PCR.Problem reproducibility/konsistensi biasanya terjadi pada band dengan intensitas yang rendah.Hal ini mungkin terjadi karena primer tidak cocok secara sempurna pada sekuen priming site,amplifikasi pada beberapa siklus mungkin tidak terjadi sehingga band tetap samar.

2. Aplikasi analisis RFLP

      RFLP merupakan metode yang digunakan oleh molecular biologists mengikuti urutan tertentu DNA seperti yang disampaikan ke sel lain. RFLPs dapat digunakan dalam berbagaimacam pengaturan yang berbeda untuk mencapai tujuan. RFLP, sebagai tanda molekular, adalah khusus untuk tunggal clone / pembatasan enzim kombinasi. Perbedaan dalam ukuran fragmen batasan antara individu dapat dideteksi oleh Southern blotting dengan pemeriksaan khusus untuk wilayah DNA diketahui mengandung RFLP. Dan pemisahan yang meiotic recombination seperti DNA polymorphisms dapat diikuti seperti biasagenetik markers. RFLP analisis ikan dapat mendeteksi pemisahan yang RFLP yang dapatdigunakan untuk menguji statistik signifikan untuk linkage ke allele untuk warisan penyakit ikan.RFLP merupakan sebuah penyelidikan yang berlabel urutan DNA yang hybridizes dengan satu atau lebih dari fragmen dicerna sampel DNA setelah mereka dipisahkan oleh gelelectrophoresis, sehingga menyatakan unik blotting pola karakteristik tertentu genotip di tempat tertentu. 

3. Aplikasi analisis mikrosatelit

      Sebagai penanda genetik, mikrosatelit sangat berlimpah. Suatu gen dapat memiliki lebihdari dua mikrosatelit. Mikrosatelit bersifat kodominan dan dapat diketahui letak lokasi pada DNA. Mikrosatelit merupakan penanda berbasis PCR, sehingga memerlukan primer. Bentuk pengulangan sekuen DNA sederhana yang berulang-ulang menjadikan marka mikrosatelit sering disebut simple sequence repeat (SSR), short tandem repeats (STRs) atau simple sequence length polymorphisms (SSLPs) yang sekarang menjadi salah satu marka paling banyak digunakan secara luas untuk pemetaan genetik, analisis keragaman genetik, dan studievolusi. Repetitive DNA atau segmen DNA yang berulang adalah salah satu aspek dari genome yang tidak dapat diuji secara mendetail. Salah satu tipe dari repetitive DNA adalah Tandemly Repeated DNA (TR DNA) yang sangat umum terdapat pada genome eukariotik dan terdapat pula pada genome prokariotik dengan frekuensi yang lebih sedikit. TR DNA disebut juga satelit DNA karena pada saat dilakukan fraksinasi genome DNA dengan uji gradien kerapatan, fragmen- fragmen DNA yang banyak mengandung sekuen berulang secara berurut berada padadaerah pita satelit (daerah di luar pita utama). Minisatelit dan mikrosatelit adalah tipe lain dari TR DNA. Telomer DNA ikan mengandung minisatelit dengan motif 5’-TTAGGG-3’. Sedangkan contoh dari mikrosatelit ditemukan pada lokus reseptor β sel-T ikan. Hasil sekuen terbaru terhadap beberapa genome menunjukkan bahwa repeat-DNA tidak hanya terdapat pada daerah intron tapi ditemukan juga pada promoter dan daerah coding. Dari sini, timbul suatu analisis apabila repeat-DNA banyak pada daerah exons (>30%)memungkinkan terjadinya fenomene dimana variasi genetic antar organisme dapat dipengaruhi oleh repeat-DNA selain Single Nucleotide Polymorphism (NSP) yang selama ini diketahui. Hal ini juga didukuing oleh suatu bukti bahwa tidak ada satu organisme pun yang mempunyaikandungan mikrosatelit yang sama dengan organisme yang lain.

Sumber:

http://www.scribd.com/doc/56046305/Aplikasi-Bioteknologi-Akuakultur-Dengan-Menggunakan-Genetik-Marker-Untuk-Budidaya-Ikan-Titang