Ini adalah jurnal berjudul PENGEMBANGAN APLIKASI SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS (SIG)
BERBASIS WEB UNTUK MANAJEMEN PEMANFAATAN AIR TANAH
MENGGUNAKAN PHP,  JAVA DAN MYSQL SPATIAL dapat di download dibawah ini 

jurnal.pdf


TUGAS RESUME

Keberadaan teknologi SIG telah memberikan kemudahan bagi banyak kalangan dalam mengelola dan memanfaatkan data spatial (geographic reffereced data). Namun, software SIG berbasis desktop yang banyak dipakai selama ini memiliki keterbatasan terutama masalah aksesibilitas dan interopera-bilitasnya.

Sebagai upaya untuk mengatasi keterbatasan tersebut, pengembangan aplikasi SIG dapat beralih menggunakan teknologi web.

Salah satu teknologi yang dapat dijadikan alternatif adalah pemanfaatan sistem basis data MySQL. MySQL merupakan sistem basis data RDBMS (Relational Database Management System) yang mulai versi 4.1 menambahkan ekstensi spatial pada sistem basis datanya. 

Ekstensi spatial memungkinkan untuk menyimpan objek-objek geografis yang dapat dipakai dalam aplikasi SIG. Kaitannya dengan hal ini, berdasarkan spesifikasi dari OGC, setiap objek MySQL Spatial (layer) disimpan pada tabel yang terpisah dalam database, dengan satu record pada tabel dari setiap elemen spatial (spatial feature). Di dalam tabel spatial, kolom  geometry menyimpan informasi geometris pada masing-masing record. Kolom   geometry  mendukung untuk menyimpan  point,  line,  polygon, multipoint, multiline, dan multipolygon.

Teknologi yang digunakan untuk mengembangkan web SIG untuk mendukung pengelolaan air tanah di Kabupaten Banyumas dipilih dengan mempertimbangkan dua hal. Pertama, persyaratan khusus aplikasi SIG, antara lain kaya akan tampilan grafis, mendukung konten raster dan vektor serta mampu menangani data dalam jumlah yang besar (Lilley, Chair, dan Jackson, 2004).  Kedua, fungsi SIG yang disampaikan oleh Abdul Rahman (2008), di mana sistem harus mampu menyimpan, menstruktur, me- manipulasi, menganalisis dan merepresentasikan data spatial. Berdasarkan kedua pertimbangan tersebut teknologi yang digunakan adalah MySQL Spatial, Java Applet dan PHP. MySQL Spatial berfungsi untuk menyimpan, menstruktur, memanipulasi, dan menganalisis data spatial sedangkan untuk merepresentasikannya digunakan Java Applet. Adapun PHP berfungsi sebagai penghubung antara Java Applet dan MySQL. Agar menghasilkan tampilan spatial yang dinamis. PHP akan membaca data spatial dari MySQL kemudian menuliskannya sebagai data berbasis teks yang dikirimkan ke browser.

PHP memiliki peranan penting tidak hanya dalam menghasilkan tampilan HTML yang dinamis tetapi juga berfungsi dalam komunikasi data antara server dengan applet. Berdasarkan konsep  radius search,  applet  yang berfungsi untuk merepresentasikan data spatial mengirimkan request ke dokumen PHP yang ada deserver dengan memberikan parameter koordinat pusat yang diinginkan (X,Y), radius (distance) dan parameter status layer yang dikehendaki. Pada saat melakukan query data dalam tipe geometry dikonversi menjadi teks, selanjutnya PHP mengirimkan ke applet di client. Applet akan mengkonversi data yang berupa kumpulan koordinat – kordinat dengan delimiter. Dari data tersebut applet, dengan memanfaatkan java.awt.Graphics2D ditampilkan dalam format vektor dengan tampilan grafis berkualitas tinggi.

Informasi pemanfaatan air tanah yang ditampilkan secara spatial serta informasi kondisi fisik wilayah menggunakan aplikasi ini dapat dimanfaatkan sebagai landasan dalam pengambilan keputusan. Dikaitkan dengan basis data yang sudah dihimpun pengguna dapat memutuskan apakah permohonan pengeboran sumur air tanah disuatu lokasi dijinkan atau tidak dijinkan baik terkait dengan daya dukung lingkungan fisiknya, potensi air tanah menurut observasi yang sudah ada maupun kaitannya dengan kebijakan wilayah konservasi air tanah. Apabila diijinkan, informasi tersebut berguna dalam pembuatan rekomendasi rencana rancang bangun konstruksi sumur serta kedalaman pengeboran air tanah. 

Dengan demikian diharapkan diperoleh keputusan yang tepat dalam rangka menjaga keberlanjutan pemanfaatan air tanah. Kaitannya dengan perencanaan lokasi pengeboran pemanfaatan air tanah pada sumur-sumur produksi dengan kapasitas pengambilan debit yang besar, aplikasi ini dapat secara cepat dipakai untuk mengetahui jarak antara rencana sumur yang akan dibangun dan sumur yang sudah ada di sekitarnya. Dengan demikian diharapkan dapat secara tepat mengatur posisi-posisi sumur tersebut agar  drawdown  yang terjadi pada saat pengambilan air tidak mempengaruhi kapasitas produksi sumur-sumur di sekitarnya (sumur masyarakat).

Sistem Informasi Geografis sangat bermanfaat untuk melaksanakan manajemen air tanah. Banyak fungsi manajerial dan pengambilan keputusan yang dapat dibantu menggunakan sistem ini, misalnya penerbitan rekomendasi maupun perijinan yang memungkinkan tersedianya informasi kewilayahan secara cepat menyangkut variabel-variabel penting yang digunakan dalam upaya menjaga kelestarian air tanah. Bahkan dengan teknologi Java Applet, MySQL Spatial dan PHP memudahkan bagi pengembang untuk membuat pemodelan spatial maupun non spatial.

BIOTEKNOLOGI DALAM BUDIDAYA

      Pada bidang perikanan bioteknologi adalah bioteknologi yang ditekankan khusus pada bidang perikanan.

Tujuan utama penerapan bioteknologi genetik pada ikan adalah untuk meningkatkan tingkat pertumbuhan. Namun bisa juga digunakan untuk meningkatkan daya tahan terhadap penyakit dan lingkungan. Terdapat beberapa teknik bioteknologi yang sudah diterapkan pada ikan budidaya contohnya:

1. Aplikasi Genetik Marker Untuk Budidaya Ikan Titang

     Genetik marker merupakan alat bantu seleksi. Dengan adanya genetik marker, maka kita bisa menyeleksi induk ikan yang unggul, khususnya ikan titang. Sebagai contoh, berikut ini aplikasi genetik marker untuk identifikasi kerapu unggul:

1. Aplikasi analisis RAPD

      Karena teknik RAPD yang sederhana dan biaya yang diperlukan lebih murah maka terdapat aplikasi yang sangat luas dari RAPD pada berbagai area biologi. Beberapa area tersebut antara lain:1. Kemampuan RAPD mendeteksi variasi intra-specifik dapat digunakan untuk melakukan screening untuk tingkat inbreeding pada induk kerapu untuk mencegah peningkatan frekuensi alel resesif yang merugikan dalam populasi.2. Marker species-specific digunakan dalam inter-specific gene flowdan identifikasi hybrid. Sama halnya dengan marker population-specific akan bermanfaat dalam identifikasi populasi hibrid. Marker RAPD lebih cocok untuk organisme klonal dibandingkan organisme yang bereproduksi secara seksual. Karena bereproduksi secara aseksual, maka fragmen polimorfik antar individual dapatdigunakan untuk menentukan identitas klonal.Walaupun metode RAPD relatif cepat, murah dan gampang dilaksanakan dibandingkanmetode marker DNA lain, isu konsistensi/reproducibility menjadi perhatian sejak dipublikasikannya teknik ini. RAPD sangat sensitif terhadap perubahan kondisi reaksi PCR.Problem reproducibility/konsistensi biasanya terjadi pada band dengan intensitas yang rendah.Hal ini mungkin terjadi karena primer tidak cocok secara sempurna pada sekuen priming site,amplifikasi pada beberapa siklus mungkin tidak terjadi sehingga band tetap samar.

2. Aplikasi analisis RFLP

      RFLP merupakan metode yang digunakan oleh molecular biologists mengikuti urutan tertentu DNA seperti yang disampaikan ke sel lain. RFLPs dapat digunakan dalam berbagaimacam pengaturan yang berbeda untuk mencapai tujuan. RFLP, sebagai tanda molekular, adalah khusus untuk tunggal clone / pembatasan enzim kombinasi. Perbedaan dalam ukuran fragmen batasan antara individu dapat dideteksi oleh Southern blotting dengan pemeriksaan khusus untuk wilayah DNA diketahui mengandung RFLP. Dan pemisahan yang meiotic recombination seperti DNA polymorphisms dapat diikuti seperti biasagenetik markers. RFLP analisis ikan dapat mendeteksi pemisahan yang RFLP yang dapatdigunakan untuk menguji statistik signifikan untuk linkage ke allele untuk warisan penyakit ikan.RFLP merupakan sebuah penyelidikan yang berlabel urutan DNA yang hybridizes dengan satu atau lebih dari fragmen dicerna sampel DNA setelah mereka dipisahkan oleh gelelectrophoresis, sehingga menyatakan unik blotting pola karakteristik tertentu genotip di tempat tertentu. 

3. Aplikasi analisis mikrosatelit

      Sebagai penanda genetik, mikrosatelit sangat berlimpah. Suatu gen dapat memiliki lebihdari dua mikrosatelit. Mikrosatelit bersifat kodominan dan dapat diketahui letak lokasi pada DNA. Mikrosatelit merupakan penanda berbasis PCR, sehingga memerlukan primer. Bentuk pengulangan sekuen DNA sederhana yang berulang-ulang menjadikan marka mikrosatelit sering disebut simple sequence repeat (SSR), short tandem repeats (STRs) atau simple sequence length polymorphisms (SSLPs) yang sekarang menjadi salah satu marka paling banyak digunakan secara luas untuk pemetaan genetik, analisis keragaman genetik, dan studievolusi. Repetitive DNA atau segmen DNA yang berulang adalah salah satu aspek dari genome yang tidak dapat diuji secara mendetail. Salah satu tipe dari repetitive DNA adalah Tandemly Repeated DNA (TR DNA) yang sangat umum terdapat pada genome eukariotik dan terdapat pula pada genome prokariotik dengan frekuensi yang lebih sedikit. TR DNA disebut juga satelit DNA karena pada saat dilakukan fraksinasi genome DNA dengan uji gradien kerapatan, fragmen- fragmen DNA yang banyak mengandung sekuen berulang secara berurut berada padadaerah pita satelit (daerah di luar pita utama). Minisatelit dan mikrosatelit adalah tipe lain dari TR DNA. Telomer DNA ikan mengandung minisatelit dengan motif 5’-TTAGGG-3’. Sedangkan contoh dari mikrosatelit ditemukan pada lokus reseptor β sel-T ikan. Hasil sekuen terbaru terhadap beberapa genome menunjukkan bahwa repeat-DNA tidak hanya terdapat pada daerah intron tapi ditemukan juga pada promoter dan daerah coding. Dari sini, timbul suatu analisis apabila repeat-DNA banyak pada daerah exons (>30%)memungkinkan terjadinya fenomene dimana variasi genetic antar organisme dapat dipengaruhi oleh repeat-DNA selain Single Nucleotide Polymorphism (NSP) yang selama ini diketahui. Hal ini juga didukuing oleh suatu bukti bahwa tidak ada satu organisme pun yang mempunyaikandungan mikrosatelit yang sama dengan organisme yang lain.

Sumber:

http://www.scribd.com/doc/56046305/Aplikasi-Bioteknologi-Akuakultur-Dengan-Menggunakan-Genetik-Marker-Untuk-Budidaya-Ikan-Titang

Artikel NCBI

NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis profesi yang berkembang pesat data genetik dan molekuler.

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler.

Salah satu tantangan yang paling sulit yang dihadapi dalam bidang bioinformatika adalah bagaimana untuk menyimpan, dengan cara yang mudah diakses, kelimpahan besar informasi baru, termasuk urutan genom keseluruhan, penemuan gen baru yang sedang berlangsung dan produk gen, dan penentuan fungsi dan struktur. NCBI didirikan sebagai respon pemerintah terhadap kebutuhan untuk informasi lebih lanjut dan lebih baik metode pengolahan untuk menangani tantangan ini.

NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. 

Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida

Mencari referensi penelitian melalui NCBI
Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.

PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.
Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.