NCBI adalah instansi yang bertanggung jawab untuk
menciptakan sistem otomatis untuk menyimpan dan menganalisis profesi yang
berkembang pesat data genetik dan molekuler.
NCBI (National Centre for Biotechnology Information)
merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan
biologi molekuler.
Salah satu tantangan yang paling sulit yang dihadapi dalam
bidang bioinformatika adalah bagaimana untuk menyimpan, dengan cara yang mudah
diakses, kelimpahan besar informasi baru, termasuk urutan genom keseluruhan,
penemuan gen baru yang sedang berlangsung dan produk gen, dan penentuan fungsi
dan struktur. NCBI didirikan sebagai respon pemerintah terhadap kebutuhan untuk
informasi lebih lanjut dan lebih baik metode pengolahan untuk menangani tantangan
ini.
NCBI membuat
database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi,
mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi
biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang
proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.
Situs akses
NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov.
Salah satu tools yang tersedia dalam
situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein
3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida
Mencari referensi penelitian melalui
NCBI
Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.
Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.
PubMed adalah sebuah layanan dari
National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk
artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu
dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan
link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan
sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip
digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS
(National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang
biomedik dan ilmu hayat.
Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.
Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.
Tidak ada komentar:
Posting Komentar